21 juin

Mandriva Linux, une plate-forme scientifique

Publié le 21/06/2010

Stéphane TELETCHEA travaille pour un laboratoire de recherche. Il contribue également à Mandriva Linux par ses tests et en tant que "packageur". Le blog officiel de Mandriva publie son témoignage. Extraits.

    "Nous avons commencé à utiliser Mandriva Linux (Mandrake à l’époque) au sein du laboratoire car cette distribution permettait à la fois une utilisation très facile des outils d’administration et disposait d’une grande panoplie d’outils de développement (dont le compilateur GCC). J’étais encore un jeune étudiant qui débutait sa thèse de doctorat et ce fut pour moi un soulagement de pouvoir remplacer les vieillissantes Indigo 2 sous IRIX 6.5 pour une station de travail ayant pour base un PC moderne et plus performant sous un OS ouvert et évolutif. J’ai utilisé de nombreuses distributions à l’époque, mais Mandriva a été la seule à m’offrir par défaut les principaux outils nécessaires à mes travaux de recherche (par exemple le logiciel XmGrace pour faire les rendus graphiques de mes centaines de milliers de points). La distribution fournissait aussi et fournit encore en standard un excellent support des langages perl/bioperl, python, fortran, C, ainsi que les dernières versions stables de gcc/libc, avec une stabilité à l’usage qui pourrait faire croire à des années de test sur des versions fraîchement sorties. Cette combinaison nouveauté/stabilité a par exemple permis à certains de mes collègues de mieux prendre en compte les dernières restrictions du compilateur (gcc est devenu beaucoup plus strict sur la syntaxe en C++ depuis la version 4), ce qui a au final permis d’obtenir un code amélioré. J’ai aussi fortement apprécié cette stabilité lors de la rédaction de mon manuscrit de thèse, pour lequel les logiciels Lyx pour la rédaction et Pybliographer pour la gestion des références bibliographiques, puisque je n’ai rencontré aucun problème de « crash » applicatif ayant pour conséquence la perte de tout ou partie de mon précieux manuscrit. Il y avait déjà assez de domaines pour lesquels j’avais des sueurs froides à avoir pour apprécier les bienfaits du travail effectué par les bienveillants empaqueteurs de l’énorme pile TeTex/LaTex."

    Je suis maintenant un chercheur « junior » en bio-informatique / chémo-informatique / bio-physique (selon les définitions de chacun), et mon projet de recherche actuel concerne le cancer des os. Comme depuis plus de 10 ans j’ai installé et utilisé Mandriva sur de nombreuses configurations matérielles différentes (HP, Dell, PC assemblé par mes soins), je me suis naturellement tourné vers Mandriva quand il s’est agit de configurer ma nouvelle station de travail (un octo-cœur, raid 1 hardware pour les disques, carte graphique NVIDIA « professionnelle »). L’installation de Mandriva 2009 édition Powerpack en 64 bits s’est terminée en moins d’une heure, et au redémarrage

    L’ensemble du matériel a été reconnu « auto-magiquement » sans aucune intervention de ma part. J’ai été obligé de faire des concessions aux règles du libre en acceptant l’utilisation du pilote propriétaire de NVIDIA pour obtenir les performances optimales de mon matériel puisqu’il s’agit d’un pré-requis technique pour la plupart de mes logiciels de modélisation moléculaire.

    Bien que de nombreux logiciels soient empaquetés dans les dépôts de Mandriva, et plus largement sont disponibles pour le monde académique, j’ai choisi d’utiliser quelques logiciels non libres pour une partie de mes travaux.

    Il y a un grand nombre de distributions qui portent dans leur nom ou leur description le mot « Scientifique », mais qui a besoin d’une distribution « dédiée » (et souvent très bridée) quand il est possible, à partir de la même base, de combler les besoins d’un simple utilisateur, d’un scientifique, d’une entreprise."

- Lire l’intégralité sur le blog de Mandriva
- Site web : Stéphane Téletchéa

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